PARALLEL.RU

Дискуссионный клуб по параллельным вычислениям
Текущее время: 8 дек 19 10:18

Часовой пояс: UTC + 4 часа [ Летнее время ]




Начать новую тему Ответить на тему  [ Сообщений: 2 ] 
Автор Сообщение
СообщениеДобавлено: 24 апр 04 10:37 
Не в сети

Зарегистрирован: 24 апр 04 10:03
Сообщения: 1
Откуда: Москва
Всех приветствую.
Речь идет о расчете термодинамики и структуры белков в воде.
Имеется система нелинейных интегральных уравнений, которая при дискретизации сведена к очень большой (нескллько миллионов) системе нелинейных алгебраических уравнений. Система решается методом Ньютона-Крылова, в качестве линейного солвера использую Bi-cgstab. Узким местом является программа умножения разреженной матрицы на вектор. Разреженная матрица (Матрица Якоби системы) задана в виде некоторых операций над вектором, в них входит фурье- преобразование и умножение на некоторую заданную матрицу W(i,j,k)
k - слой сетки, I,j - меняется в пределах от 1 до числа атомов в белке.
Типичное число узлов сетки 1024. С ростом числа атомов основное время тратится на умножение матрицы на вектор, для 2000 атомов оно составляет 75 процентов от всего времени. Есть идея распараллелить программу вдоль сетки.

В настоящий момент программа написана на Матлабе, умножение W*x - на си, и подключено к матлабу. Результаты расчетов и некоторые ссылки по теме вот на этих сайтах:
http://www.rismproteins.org
http://www.jcbi.ru/EN/Tikhonov/index.htm

Сейчас я переписываю все на си, ищу партнера, который поможет мне с использованием MPI.

Если есть интерес, пишите на dimatikhonov@yandex.ru


Вернуться к началу
 Профиль  
 
 Заголовок сообщения:
СообщениеДобавлено: 29 апр 04 16:01 
"Узким местом является программа умножения разреженной матрицы на вектор. Разреженная матрица (Матрица Якоби системы) задана в виде некоторых операций над вектором, в них входит фурье- преобразование и умножение на некоторую заданную матрицу W(i,j,k)
k - слой сетки, I,j - меняется в пределах от 1 до числа атомов в белке."

Шлите "мылом" свой алгоритм.


burdapa@yandex.ru


Вернуться к началу
  
 
Показать сообщения за:  Поле сортировки  
Начать новую тему Ответить на тему  [ Сообщений: 2 ] 

Часовой пояс: UTC + 4 часа [ Летнее время ]


Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и гости: 2


Вы не можете начинать темы
Вы не можете отвечать на сообщения
Вы не можете редактировать свои сообщения
Вы не можете удалять свои сообщения
Вы не можете добавлять вложения

Найти:
Перейти:  
cron
Создано на основе phpBB® Forum Software © phpBB Group
Русская поддержка phpBB