PARALLEL.RU

Дискуссионный клуб по параллельным вычислениям
Текущее время: 20 июн 18 6:30

Часовой пояс: UTC + 4 часа [ Летнее время ]




Начать новую тему Ответить на тему  [ 1 сообщение ] 
Автор Сообщение
СообщениеДобавлено: 22 окт 11 13:05 
Не в сети

Зарегистрирован: 22 окт 11 12:32
Сообщения: 1
Сначала некоторые пояснения.
Я использую несколько тысяч процессорных ядер, на каждом по процессу, и они обмениваются через MPI.
Использую компилятор Intel и Intel MPI.

В самом начале программы выполняются вызовы MPI_Init, MPI_Comm_size и MPI_Comm_rank.
Сразу после этого процесс 0 через printf выводит дату и еще некоторую информацию, т.е. еще никаких обменов нет и в помине.
Статических массивов нет, все динамические. Объем памяти под массивы выделяется большой, но это происходит после printf.
На всякий случай напишу, что до любых обменов стоит вызов MPI_Barrier.

Запускаю задачу #146557 на 1250 узлах с 10000 процессов:
sbatch -N1250 -n10000 ...
Жду 3 суток, пока задача запустится, но в результате файл slurm-146557.out пуст, т.е. даже начальный printf не выполнился (!), а файл slurm-146557.err содержит в точности следующее:

[proxy@node1-029-02.lomonosov.parallel.ru] HYDU_sock_connect (./utils/sock/sock.c:151): connect error (Connection timed out)
[proxy@node1-029-02.lomonosov.parallel.ru] main (./pm/pmiserv/pmip.c:228): unable to connect to the main server
[proxy@node1-123-17.lomonosov.parallel.ru] HYDU_sock_connect (./utils/sock/sock.c:151): connect error (Connection timed out)
[proxy@node1-123-17.lomonosov.parallel.ru] main (./pm/pmiserv/pmip.c:228): unable to connect to the main server
[proxy@node1-050-14.lomonosov.parallel.ru] HYDU_sock_connect (./utils/sock/sock.c:151): connect error (Connection timed out)
[proxy@node1-050-14.lomonosov.parallel.ru] main (./pm/pmiserv/pmip.c:228): unable to connect to the main server
[proxy@node1-126-18.lomonosov.parallel.ru] HYDU_sock_connect (./utils/sock/sock.c:151): connect error (Connection timed out)
[proxy@node1-126-18.lomonosov.parallel.ru] main (./pm/pmiserv/pmip.c:228): unable to connect to the main server
[proxy@node1-027-18.lomonosov.parallel.ru] HYDU_sock_connect (./utils/sock/sock.c:151): connect error (Connection timed out)
[proxy@node1-027-18.lomonosov.parallel.ru] main (./pm/pmiserv/pmip.c:228): unable to connect to the main server
[proxy@node1-050-12.lomonosov.parallel.ru] HYDU_sock_connect (./utils/sock/sock.c:151): connect error (Connection timed out)
[proxy@node1-050-12.lomonosov.parallel.ru] main (./pm/pmiserv/pmip.c:228): unable to connect to the main server
[proxy@node1-066-21.lomonosov.parallel.ru] HYDU_sock_connect (./utils/sock/sock.c:151): connect error (Connection timed out)
[proxy@node1-066-21.lomonosov.parallel.ru] main (./pm/pmiserv/pmip.c:228): unable to connect to the main server
[proxy@node1-033-12.lomonosov.parallel.ru] HYDU_sock_connect (./utils/sock/sock.c:151): connect error (Connection timed out)
[proxy@node1-033-12.lomonosov.parallel.ru] main (./pm/pmiserv/pmip.c:228): unable to connect to the main server
[proxy@node1-051-29.lomonosov.parallel.ru] HYDU_sock_connect (./utils/sock/sock.c:151): connect error (Connection timed out)
[proxy@node1-051-29.lomonosov.parallel.ru] main (./pm/pmiserv/pmip.c:228): unable to connect to the main server
[proxy@node1-042-15.lomonosov.parallel.ru] HYDU_sock_connect (./utils/sock/sock.c:151): connect error (Connection timed out)
[proxy@node1-042-15.lomonosov.parallel.ru] main (./pm/pmiserv/pmip.c:228): unable to connect to the main server
[proxy@node1-116-02.lomonosov.parallel.ru] HYDU_sock_connect (./utils/sock/sock.c:151): connect error (Connection timed out)
[proxy@node1-116-02.lomonosov.parallel.ru] main (./pm/pmiserv/pmip.c:228): unable to connect to the main server
[proxy@node1-066-24.lomonosov.parallel.ru] HYDU_sock_connect (./utils/sock/sock.c:151): connect error (Connection timed out)
[proxy@node1-066-24.lomonosov.parallel.ru] main (./pm/pmiserv/pmip.c:228): unable to connect to the main server
[proxy@node1-052-27.lomonosov.parallel.ru] HYDU_sock_connect (./utils/sock/sock.c:151): connect error (Connection timed out)
[proxy@node1-052-27.lomonosov.parallel.ru] main (./pm/pmiserv/pmip.c:228): unable to connect to the main server
[proxy@node1-116-30.lomonosov.parallel.ru] HYDU_sock_connect (./utils/sock/sock.c:151): connect error (Connection timed out)
[proxy@node1-116-30.lomonosov.parallel.ru] main (./pm/pmiserv/pmip.c:228): unable to connect to the main server
[proxy@node1-025-25.lomonosov.parallel.ru] HYDU_sock_connect (./utils/sock/sock.c:151): connect error (Connection timed out)
[proxy@node1-025-25.lomonosov.parallel.ru] main (./pm/pmiserv/pmip.c:228): unable to connect to the main server
[proxy@node1-081-21.lomonosov.parallel.ru] HYDU_sock_connect (./utils/sock/sock.c:151): connect error (Connection timed out)
[proxy@node1-081-21.lomonosov.parallel.ru] main (./pm/pmiserv/pmip.c:228): unable to connect to the main server
[proxy@node1-025-14.lomonosov.parallel.ru] HYDU_sock_connect (./utils/sock/sock.c:151): connect error (Connection timed out)
[proxy@node1-025-14.lomonosov.parallel.ru] main (./pm/pmiserv/pmip.c:228): unable to connect to the main server
[proxy@node1-101-18.lomonosov.parallel.ru] HYDU_sock_connect (./utils/sock/sock.c:151): connect error (Connection timed out)
[proxy@node1-101-18.lomonosov.parallel.ru] main (./pm/pmiserv/pmip.c:228): unable to connect to the main server
[proxy@node1-107-20.lomonosov.parallel.ru] HYDU_sock_connect (./utils/sock/sock.c:151): connect error (Connection timed out)
[proxy@node1-107-20.lomonosov.parallel.ru] main (./pm/pmiserv/pmip.c:228): unable to connect to the main server
[proxy@node1-037-24.lomonosov.parallel.ru] HYDU_sock_connect (./utils/sock/sock.c:151): connect error (Connection timed out)
[proxy@node1-037-24.lomonosov.parallel.ru] main (./pm/pmiserv/pmip.c:228): unable to connect to the main server
[proxy@node1-099-24.lomonosov.parallel.ru] HYDU_sock_connect (./utils/sock/sock.c:151): connect error (Connection timed out)
[proxy@node1-099-24.lomonosov.parallel.ru] main (./pm/pmiserv/pmip.c:228): unable to connect to the main server
[proxy@node1-037-26.lomonosov.parallel.ru] HYDU_sock_connect (./utils/sock/sock.c:151): connect error (Connection timed out)
[proxy@node1-037-26.lomonosov.parallel.ru] main (./pm/pmiserv/pmip.c:228): unable to connect to the main server
[proxy@node1-117-23.lomonosov.parallel.ru] HYDU_sock_connect (./utils/sock/sock.c:151): connect error (Connection timed out)
[proxy@node1-117-23.lomonosov.parallel.ru] main (./pm/pmiserv/pmip.c:228): unable to connect to the main server
[proxy@node1-002-12.lomonosov.parallel.ru] HYDU_sock_connect (./utils/sock/sock.c:151): connect error (Connection timed out)
[proxy@node1-002-12.lomonosov.parallel.ru] main (./pm/pmiserv/pmip.c:228): unable to connect to the main server
[proxy@node1-127-15.lomonosov.parallel.ru] HYDU_sock_connect (./utils/sock/sock.c:151): connect error (Connection timed out)
[proxy@node1-127-15.lomonosov.parallel.ru] main (./pm/pmiserv/pmip.c:228): unable to connect to the main server
[proxy@node1-121-12.lomonosov.parallel.ru] HYDU_sock_connect (./utils/sock/sock.c:151): connect error (Connection timed out)
[proxy@node1-121-12.lomonosov.parallel.ru] main (./pm/pmiserv/pmip.c:228): unable to connect to the main server
[proxy@node1-046-22.lomonosov.parallel.ru] HYDU_sock_connect (./utils/sock/sock.c:151): connect error (Connection timed out)
[proxy@node1-046-22.lomonosov.parallel.ru] main (./pm/pmiserv/pmip.c:228): unable to connect to the main server
[proxy@node1-034-08.lomonosov.parallel.ru] HYDU_sock_connect (./utils/sock/sock.c:151): connect error (Connection timed out)
[proxy@node1-034-08.lomonosov.parallel.ru] main (./pm/pmiserv/pmip.c:228): unable to connect to the main server
srun: error: node1-081-21: task 833: Exited with exit code 4
srun: Terminating job step 146557.1
srun: error: node1-025-14: task 192: Exited with exit code 4
[mpiexec@node1-001-15.lomonosov.parallel.ru] HYDU_sock_write (./utils/sock/sock.c:283): write error (Connection reset by peer)
[mpiexec@node1-001-15.lomonosov.parallel.ru] send_exec_info (./pm/pmiserv/pmiserv_cb.c:523): unable to write data to proxy
[mpiexec@node1-001-15.lomonosov.parallel.ru] HYD_pmcd_pmiserv_control_listen_cb (./pm/pmiserv/pmiserv_cb.c:588): unable to send exec info to proxy
[mpiexec@node1-001-15.lomonosov.parallel.ru] HYDT_dmxu_poll_wait_for_event (./tools/demux/demux_poll.c:77): callback returned error status
[mpiexec@node1-001-15.lomonosov.parallel.ru] HYDT_bscu_wait_for_completion (./tools/bootstrap/utils/bscu_wait.c:81): error waiting for event
[mpiexec@node1-001-15.lomonosov.parallel.ru] HYDT_bsci_wait_for_completion (./tools/bootstrap/src/bsci_wait.c:18): bootstrap device returned error waiting for completion
[mpiexec@node1-001-15.lomonosov.parallel.ru] HYD_pmci_wait_for_completion (./pm/pmiserv/pmiserv_pmci.c:225): bootstrap server returned error waiting for completion
[mpiexec@node1-001-15.lomonosov.parallel.ru] main (./ui/mpich/mpiexec.c:287): process manager error waiting for completion

Еще меня смущает строчка
srun: Terminating job step 146557.1
Не должно ли быть следующее:
srun: Terminating job step 146557.0

Раньше такая проблема тоже была. Но тогда я отследил запуск задачи, и как только она рухнула, запустил заново. Видимо в очереди было мало задач, моя задача повторно запустилась и все пошло нормально. Но не факт, что в другой раз задача, поставленная тут же повторно в очередь, сразу запустится. Да и контролировать все "вручную" не хочется. И ждать несколько суток и не получать никакого результата-тоже.

Помогите, пожалуйста, разобраться, в чем причина проблемы и какие есть пути решения.

Заранее спасибо!


Вернуться к началу
 Профиль  
 
Показать сообщения за:  Поле сортировки  
Начать новую тему Ответить на тему  [ 1 сообщение ] 

Часовой пояс: UTC + 4 часа [ Летнее время ]


Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и гости: 4


Вы не можете начинать темы
Вы не можете отвечать на сообщения
Вы не можете редактировать свои сообщения
Вы не можете удалять свои сообщения
Вы не можете добавлять вложения

Найти:
Перейти:  
cron
Создано на основе phpBB® Forum Software © phpBB Group
Русская поддержка phpBB