PARALLEL.RU

Дискуссионный клуб по параллельным вычислениям
Текущее время: 23 сен 18 7:31

Часовой пояс: UTC + 4 часа [ Летнее время ]




Начать новую тему Ответить на тему  [ Сообщений: 2 ] 
Автор Сообщение
 Заголовок сообщения: Ломоносов, запуск GROMACS на GPU
СообщениеДобавлено: 5 мар 15 14:44 
Не в сети

Зарегистрирован: 5 мар 15 14:30
Сообщения: 1
Здравствуйте.

У меня проблема с запуском GROMACS на GPU. Если запускать на одном узле:

sbatch -N1 -p gputest -t 10 impi mdrun_mpi

то всё работает, за исключением потерь производительности из-за использования только одной GPU карты. Это можно поправить, вопрос в другом. Если запускать на двух узлах:

sbatch -N2 -p gputest -t 10 impi mdrun_mpi

то работает только первый (наверное). В логе SLURMа сначала идут сообщения об ошибках:

srun: error: slurm_receive_msgs: Socket timed out on send/recv operation
srun: error: Task launch for 1031018.0 failed on node node6-155-10: Socket timed out on send/recv operation
srun: error: Application launch failed: Socket timed out on send/recv operation
srun: Job step aborted: Waiting up to 2 seconds for job step to finish.
srun: error: Timed out waiting for job step to complete

далее следует обычный лог работы GROMACS на одном узле (в данном случае - node6-155-9).

Как можно запустить задачу на нескольких узлах?


Вернуться к началу
 Профиль  
 
 Заголовок сообщения: Re: Ломоносов, запуск GROMACS на GPU
СообщениеДобавлено: 1 апр 15 20:11 
Не в сети

Зарегистрирован: 1 апр 15 20:08
Сообщения: 1
Нужно запускать не на тестовом разделе, а на обычном. -p gpu


Вернуться к началу
 Профиль  
 
Показать сообщения за:  Поле сортировки  
Начать новую тему Ответить на тему  [ Сообщений: 2 ] 

Часовой пояс: UTC + 4 часа [ Летнее время ]


Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и гости: 1


Вы не можете начинать темы
Вы не можете отвечать на сообщения
Вы не можете редактировать свои сообщения
Вы не можете удалять свои сообщения
Вы не можете добавлять вложения

Найти:
Перейти:  
cron
Создано на основе phpBB® Forum Software © phpBB Group
Русская поддержка phpBB