PARALLEL.RU

Дискуссионный клуб по параллельным вычислениям
Текущее время: 24 ноя 17 8:56

Часовой пояс: UTC + 4 часа [ Летнее время ]




Начать новую тему Ответить на тему  [ Сообщений: 13 ] 
Автор Сообщение
СообщениеДобавлено: 11 июн 04 21:33 
Нужен совет и информация по поводу решения СЛАУ для разреженных матриц на параллельной архитектуре (МВС-1000).
Может быть был у кого подобный опыт, можете ли поделитьтся:
1. опытом компиляции пакетоов (Aztec, ScaLAPACK и т.д.)
2. Какой из них выбрать, чтобы считал нормально и гемора поменьше?
3. Может у кого уже есть свои библиотеки, котторые не надо компилить?
Кто поможет - буду очень благодарен.


Вернуться к началу
  
 
 Заголовок сообщения:
СообщениеДобавлено: 18 июн 04 23:18 
Пакет ScaLAPACK предназначен для работы с плотными матрицами или
узкими ленточными. Для разреженных матриц предназначен Aztec.
У меня не было проблем с его компиляцией. Могу прислать настроенный
исходник, в котором нужно будет выполнить команду make.
мой адрес root@rsusu1.rnd.runnet.ru


Вернуться к началу
  
 
 Заголовок сообщения: степень разреженности матриц
СообщениеДобавлено: 25 дек 04 6:18 
скажите пожалуйста!!!!!!!!!!!!
от чего зависит степень разреженности матрицы ( в транспорной задаче линейного программирования), ну или хотя бы в общем...please...


Вернуться к началу
  
 
 Заголовок сообщения:
СообщениеДобавлено: 31 янв 05 2:08 
Не в сети

Зарегистрирован: 26 дек 04 21:21
Сообщения: 120
Откуда: Ростов-на-Дону
От входных данных, конечно! (или я не понял вопрос?)

_________________
Важно не слово, но дело!


Вернуться к началу
 Профиль  
 
 Заголовок сообщения:
СообщениеДобавлено: 30 июл 05 13:59 
Уважаемый Дацюк В.Н., Вы случайно не знаете
можно ли из программы на языке Fortran-DVM (разработка ИПМ РАН)
вызвать функции для решения линейных систем
из библитеки Aztec? (Она вроде на Си написана). :?:


Вернуться к началу
  
 
 Заголовок сообщения:
СообщениеДобавлено: 30 июл 05 19:53 
Уважаемый Агап.
У меня нет опыта работы с Fortran-DVM.
Насколько я знаю он является аналогом Adapter'а
Оба реализуют язык HPF, а в HPF трудно что-либо встроить.
Он оперирует с глобальными массивами, которые компилятор
сам каким-то образом распределяет по процессорам и каждый
процессор обрабатывает свою долю, по возможности минимизируя
обмены с другими процессорами. Aztec построен по другому
принципу. На каждом процессоре заводятся свои локальные
одномерные массивы, которые Вы должны правильным образом
заполнить перед обращением к решателю.
Я не вижу как это встроить в HPF, и более того, какой в этом
смысл, если все равно все нужно формировать руками.

Заманчивость HPF состоит в том, что он якобы сам все распараллеливает, но, как правило, за это приходится платить
очень низкой эффективностью параллельных программ.
Когда-то я пытался работать с Adapter"ом, но кроме демонстационных
программ на нем ничего серьезного написать не возможно.
По моему мнению, возможно я и ошибаюсь.


Вернуться к началу
  
 
 Заголовок сообщения:
СообщениеДобавлено: 4 апр 06 10:54 
Не в сети

Зарегистрирован: 4 апр 06 10:50
Сообщения: 1
anbal, откуда получается матрица - это главный вопрос, дальше надо думать чем её решать. Я пробовал один формат разреженный специально для итерационных методов (конкретно МСГ). Было очень неплохое ускорение, не идеальное, но неплохое.


Вернуться к началу
 Профиль  
 
 Заголовок сообщения:
СообщениеДобавлено: 8 июн 06 15:51 
Не в сети

Зарегистрирован: 26 май 06 12:50
Сообщения: 6
Достаточно хорошо оптимизированной математической библиотекой является Intel MKL, сам неоднократно использовал её, что давало возможность повысить скорость приложения в 2 раза.

В ней есть функции для работы с разряженными матрицами.


Вернуться к началу
 Профиль  
 
 Заголовок сообщения:
СообщениеДобавлено: 26 май 07 12:18 
Не в сети

Зарегистрирован: 19 апр 07 22:59
Сообщения: 3
Откуда: ЮРГТУ (НПИ), каф. "Прикладная математика", 4 курс
Дацюк В.Н. писал(а):
Пакет ScaLAPACK предназначен для работы с плотными матрицами или
узкими ленточными. Для разреженных матриц предназначен Aztec.
У меня не было проблем с его компиляцией. Могу прислать настроенный
исходник, в котором нужно будет выполнить команду make.
мой адрес root@rsusu1.rnd.runnet.ru


Спасибо большое за присланный исходник, но я не смог его откомпилировать :( Я использую загрузочный диск ParallelKnoppix 2006-06-19 Там уже установлен MPI. В файлах 'lib/Makefile.template' и 'app/Makefile.template' путей, указанных в MPI_INCLUDE_DIR и MPI_LIB_DIR у меня в системе нет, поэтому я попробовал заменить их. В папку с Aztec я положил папку MPI с папками include и lib и заменил пути на ../mpi/include и ../mpi/lib. Попытался выполнить команду make в папках 'lib' и 'app' и получил следующее сообщение:

knoppix@3[app]$ make
icc -O -Dappend_ -I../lib -DMAX_MEM_SIZE=16731136 -DCOMM_BUFF_SIZE=200000 -DMAX_CHUNK_SIZE=200000 -DDEBUG_TIME -DDEBUG -DMPI ../mpi/include -c -o az_main.o az_main.c
make: icc: Command not found
make: *** [az_main.o] Error 127
knoppix@3[app]$


knoppix@1[lib]$ make
gcc -O -Dappend_ -DMPI ../mpi/include -c -o az_bilu.o az_bilu.c
gcc: ../mpi/include: linker input file unused because linking not done
gcc -O -Dappend_ -DMPI ../mpi/include -c -o az_cg.o az_cg.c
gcc: ../mpi/include: linker input file unused because linking not done
gcc -O -Dappend_ -DMPI ../mpi/include -c -o az_cgs.o az_cgs.c
gcc: ../mpi/include: linker input file unused because linking not done
gcc -O -Dappend_ -DMPI ../mpi/include -c -o az_cgstab.o az_cgstab.c
gcc: ../mpi/include: linker input file unused because linking not done
gcc -O -Dappend_ -DMPI ../mpi/include -c -o az_check.o az_check.c
gcc: ../mpi/include: linker input file unused because linking not done
gcc -O -Dappend_ -DMPI ../mpi/include -c -o az_comm.o az_comm.c
gcc: ../mpi/include: linker input file unused because linking not done
gcc -O -Dappend_ -DMPI ../mpi/include -c -o az_converge.o az_converge.c
gcc: ../mpi/include: linker input file unused because linking not done
gcc -O -Dappend_ -DMPI ../mpi/include -c -o az_dd_overlap.o az_dd_overlap.c
gcc: ../mpi/include: linker input file unused because linking not done
gcc -O -Dappend_ -DMPI ../mpi/include -c -o az_dgemv2.o az_dgemv2.c
gcc: ../mpi/include: linker input file unused because linking not done
gcc -O -Dappend_ -DMPI ../mpi/include -c -o az_dgemv3.o az_dgemv3.c
gcc: ../mpi/include: linker input file unused because linking not done
gcc -O -Dappend_ -DMPI ../mpi/include -c -o az_domain_decomp.o az_domain_decomp.c
gcc: ../mpi/include: linker input file unused because linking not done
gcc -O -Dappend_ -DMPI ../mpi/include -c -o az_fortran_wrap.o az_fortran_wrap.c
gcc: ../mpi/include: linker input file unused because linking not done
gcc -O -Dappend_ -DMPI ../mpi/include -c -o az_scaling.o az_scaling.c
gcc: ../mpi/include: linker input file unused because linking not done
gcc -O -Dappend_ -DMPI ../mpi/include -c -o az_flop_cnt.o az_flop_cnt.c
gcc: ../mpi/include: linker input file unused because linking not done
gcc -O -Dappend_ -DMPI ../mpi/include -c -o az_gmres.o az_gmres.c
gcc: ../mpi/include: linker input file unused because linking not done
gcc -O -Dappend_ -DMPI ../mpi/include -c -o az_gmresr.o az_gmresr.c
gcc: ../mpi/include: linker input file unused because linking not done
gcc -O -Dappend_ -DMPI ../mpi/include -c -o az_ilu_util.o az_ilu_util.c
gcc: ../mpi/include: linker input file unused because linking not done
gcc -O -Dappend_ -DMPI ../mpi/include -c -o az_ilut.o az_ilut.c
gcc: ../mpi/include: linker input file unused because linking not done
gcc -O -Dappend_ -DMPI ../mpi/include -c -o az_interface.o az_interface.c
gcc: ../mpi/include: linker input file unused because linking not done
gcc -O -Dappend_ -DMPI ../mpi/include -c -o az_lu_y12.o az_lu_y12.c
gcc: ../mpi/include: linker input file unused because linking not done
gcc -O -Dappend_ -DMPI ../mpi/include -c -o az_matrix_util.o az_matrix_util.c
gcc: ../mpi/include: linker input file unused because linking not done
gcc -O -Dappend_ -DMPI ../mpi/include -c -o az_matvec_mult.o az_matvec_mult.c
gcc: ../mpi/include: linker input file unused because linking not done
gcc -O -Dappend_ -DMPI ../mpi/include -c -o az_old_matvec_mult.o az_old_matvec_mult.c
gcc: ../mpi/include: linker input file unused because linking not done
gcc -O -Dappend_ -DMPI ../mpi/include -c -o az_pad_utils.o az_pad_utils.c
gcc: ../mpi/include: linker input file unused because linking not done
gcc -O -Dappend_ -DMPI ../mpi/include -c -o az_poly.o az_poly.c
gcc: ../mpi/include: linker input file unused because linking not done
gcc -O -Dappend_ -DMPI ../mpi/include -c -o az_precond.o az_precond.c
gcc: ../mpi/include: linker input file unused because linking not done
gcc -O -Dappend_ -DMPI ../mpi/include -c -o az_qmrcgs.o az_qmrcgs.c
gcc: ../mpi/include: linker input file unused because linking not done
gcc -O -Dappend_ -DMPI ../mpi/include -c -o az_rilu.o az_rilu.c
gcc: ../mpi/include: linker input file unused because linking not done
gcc -O -Dappend_ -DMPI ../mpi/include -c -o az_solve.o az_solve.c
gcc: ../mpi/include: linker input file unused because linking not done
gcc -O -Dappend_ -DMPI ../mpi/include -c -o az_sort.o az_sort.c
gcc: ../mpi/include: linker input file unused because linking not done
gcc -O -Dappend_ -DMPI ../mpi/include -c -o az_subdomain_solver.o az_subdomain_solver.c
gcc: ../mpi/include: linker input file unused because linking not done
gcc -O -Dappend_ -DMPI ../mpi/include -c -o az_tools.o az_tools.c
gcc: ../mpi/include: linker input file unused because linking not done
gcc -O -Dappend_ -DMPI ../mpi/include -c -o az_util.o az_util.c
gcc: ../mpi/include: linker input file unused because linking not done
gcc -O -Dappend_ -DMPI ../mpi/include -c -o az_icc.o az_icc.c
gcc: ../mpi/include: linker input file unused because linking not done
gcc -O -Dappend_ -DMPI ../mpi/include -c -o md_timer_sun.o md_timer_sun.c
gcc: ../mpi/include: linker input file unused because linking not done
gcc -O -Dappend_ -DMPI ../mpi/include -c -o md_wrap_mpi_c.o md_wrap_mpi_c.c
gcc: ../mpi/include: linker input file unused because linking not done
g77 -O -c -o la_dgetrf.o la_dgetrf.f
g77 -O -c -o la_dgetri.o la_dgetri.f
g77 -O -c -o la_ilaenv.o la_ilaenv.f
g77 -O -c -o la_dgetf2.o la_dgetf2.f
g77 -O -c -o la_dlaswp.o la_dlaswp.f
g77 -O -c -o la_dtrtri.o la_dtrtri.f
g77 -O -c -o la_dtrti2.o la_dtrti2.f
g77 -O -c -o la_dgetrs.o la_dgetrs.f
g77 -O -c -o la_dgeco.o la_dgeco.f
g77 -O -c -o la_dgedi.o la_dgedi.f
g77 -O -c -o la_dgefa.o la_dgefa.f
g77 -O -c -o la_dpotf2.o la_dpotf2.f
g77 -O -c -o la_dpotrf.o la_dpotrf.f
g77 -O -c -o la_dlamch.o la_dlamch.f
g77 -O -c -o la_dlaic1.o la_dlaic1.f
g77 -O -c -o y12m.o y12m.f
g77 -O -c -o y12mae.o y12mae.f
g77 -O -c -o y12maf.o y12maf.f
g77 -O -c -o y12mbe.o y12mbe.f
g77 -O -c -o y12mbf.o y12mbf.f
g77 -O -c -o y12mce.o y12mce.f
g77 -O -c -o y12mcf.o y12mcf.f
g77 -O -c -o y12mde.o y12mde.f
g77 -O -c -o y12mdf.o y12mdf.f
g77 -O -c -o y12mfe.o y12mfe.f
g77 -O -c -o y12mge.o y12mge.f
g77 -O -c -o y12mhe.o y12mhe.f
g77 -O -c -o y12cck.o y12cck.f
g77 -O -c -o blas1.o blas1.f
g77 -O -c -o blas2.o blas2.f
g77 -O -c -o blas3.o blas3.f
g77 -O -c -o xerbla.o xerbla.f
g77 -O -c -o lsame.o lsame.f
g77 -O -c -o az_reorder.o az_reorder.f
Building library
ar ruv libaztec.a az_bilu.o az_cg.o az_cgs.o az_cgstab.o az_check.o az_comm.o az_converge.o az_dd_overlap.o az_dgemv2.o az_dgemv3.o az_domain_decomp.o az_fortran_wrap.o az_scaling.o az_flop_cnt.o az_gmres.o az_gmresr.o az_ilu_util.o az_ilut.o az_interface.o az_lu_y12.o az_matrix_util.o az_matvec_mult.o az_old_matvec_mult.o az_pad_utils.o az_poly.o az_precond.o az_qmrcgs.o az_rilu.o az_solve.o az_sort.o az_subdomain_solver.o az_tools.o az_util.o az_icc.o md_timer_sun.o md_wrap_mpi_c.o la_dgetrf.o la_dgetri.o la_ilaenv.o la_dgetf2.o la_dlaswp.o la_dtrtri.o la_dtrti2.o la_dgetrs.o la_dgeco.o la_dgedi.o la_dgefa.o la_dpotf2.o la_dpotrf.o la_dlamch.o la_dlaic1.o y12m.o y12mae.o y12maf.o y12mbe.o y12mbf.o y12mce.o y12mcf.o y12mde.o y12mdf.o y12mfe.o y12mge.o y12mhe.o y12cck.o blas1.o blas2.o blas3.o xerbla.o lsame.o az_reorder.o
ar: creating libaztec.a
a - az_bilu.o
a - az_cg.o
a - az_cgs.o
a - az_cgstab.o
a - az_check.o
a - az_comm.o
a - az_converge.o
a - az_dd_overlap.o
a - az_dgemv2.o
a - az_dgemv3.o
a - az_domain_decomp.o
a - az_fortran_wrap.o
a - az_scaling.o
a - az_flop_cnt.o
a - az_gmres.o
a - az_gmresr.o
a - az_ilu_util.o
a - az_ilut.o
a - az_interface.o
a - az_lu_y12.o
a - az_matrix_util.o
a - az_matvec_mult.o
a - az_old_matvec_mult.o
a - az_pad_utils.o
a - az_poly.o
a - az_precond.o
a - az_qmrcgs.o
a - az_rilu.o
a - az_solve.o
a - az_sort.o
a - az_subdomain_solver.o
a - az_tools.o
a - az_util.o
a - az_icc.o
a - md_timer_sun.o
a - md_wrap_mpi_c.o
a - la_dgetrf.o
a - la_dgetri.o
a - la_ilaenv.o
a - la_dgetf2.o
a - la_dlaswp.o
a - la_dtrtri.o
a - la_dtrti2.o
a - la_dgetrs.o
a - la_dgeco.o
a - la_dgedi.o
a - la_dgefa.o
a - la_dpotf2.o
a - la_dpotrf.o
a - la_dlamch.o
a - la_dlaic1.o
a - y12m.o
a - y12mae.o
a - y12maf.o
a - y12mbe.o
a - y12mbf.o
a - y12mce.o
a - y12mcf.o
a - y12mde.o
a - y12mdf.o
a - y12mfe.o
a - y12mge.o
a - y12mhe.o
a - y12cck.o
a - blas1.o
a - blas2.o
a - blas3.o
a - xerbla.o
a - lsame.o
a - az_reorder.o
ar: unable to rename 'libaztec.a' reason: File exists
make: *** [aztec] Error 1

Помогите разобраться, что я делаю не так. Хотелось бы откомпилировать пакет, используя загрузочный диск, не устанавливая Linux на жесткий диск.


Вернуться к началу
 Профиль  
 
 Заголовок сообщения:
СообщениеДобавлено: 26 май 07 17:03 
Не в сети

Зарегистрирован: 30 ноя 05 16:09
Сообщения: 130
Откуда: Ростов-на-Дону
Интересно, а куда Вы будете записывать объектные файлы
в процессе компиляции и собранную из них библиотеку?
На CD диск с дистрибутивом?
Далее, сначала Вы должны собрать библиотеку, а уж
потом компилировать тестовый пример.
И третье, у Вас неправильно подключаются include файлы.
Отсутствует опция -I перед именем каталога.


Вернуться к началу
 Профиль  
 
 Заголовок сообщения:
СообщениеДобавлено: 28 май 07 17:02 
Не в сети

Зарегистрирован: 19 апр 07 22:59
Сообщения: 3
Откуда: ЮРГТУ (НПИ), каф. "Прикладная математика", 4 курс
Дацюк В.Н. писал(а):
Интересно, а куда Вы будете записывать объектные файлы
в процессе компиляции и собранную из них библиотеку?
На CD диск с дистрибутивом?
Далее, сначала Вы должны собрать библиотеку, а уж
потом компилировать тестовый пример.
И третье, у Вас неправильно подключаются include файлы.
Отсутствует опция -I перед именем каталога.


Можете подробнее объяснить как собрать библиотеку и откомпилировать тестовый пример. Я в этом новичок. Файлы записываются на жесткий диск. Я загружаю систему с CD, а aztec лежит у меня на жестком, там я его и пытаюсь откомпилировать.


Вернуться к началу
 Профиль  
 
 Заголовок сообщения:
СообщениеДобавлено: 28 май 07 18:32 
Не в сети

Зарегистрирован: 30 ноя 05 16:09
Сообщения: 130
Откуда: Ростов-на-Дону
Насколько я понимаю, Вы из Новочеркасска.
Приезжайте ко мне в Ростов на Вычислительный РГУ (ЮФУ)
я Вам все объясню. Тяжело обучать новичков по переписке.


Вернуться к началу
 Профиль  
 
 Заголовок сообщения:
СообщениеДобавлено: 28 май 07 18:48 
Не в сети

Зарегистрирован: 19 апр 07 22:59
Сообщения: 3
Откуда: ЮРГТУ (НПИ), каф. "Прикладная математика", 4 курс
Дацюк В.Н. писал(а):
Насколько я понимаю, Вы из Новочеркасска.
Приезжайте ко мне в Ростов на Вычислительный РГУ (ЮФУ)
я Вам все объясню. Тяжело обучать новичков по переписке.


Понимаю. С удовольствием приеду. Оставьте пожалуйста адрес и как с вами можно связаться. Мой e-mail: e_ternavsky@mail.ru


Вернуться к началу
 Профиль  
 
Показать сообщения за:  Поле сортировки  
Начать новую тему Ответить на тему  [ Сообщений: 13 ] 

Часовой пояс: UTC + 4 часа [ Летнее время ]


Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и гости: 2


Вы не можете начинать темы
Вы не можете отвечать на сообщения
Вы не можете редактировать свои сообщения
Вы не можете удалять свои сообщения
Вы не можете добавлять вложения

Найти:
Перейти:  
cron
Создано на основе phpBB® Forum Software © phpBB Group
Русская поддержка phpBB