PARALLEL.RU

Дискуссионный клуб по параллельным вычислениям
Текущее время: 20 сен 17 18:00

Часовой пояс: UTC + 4 часа [ Летнее время ]




Начать новую тему Ответить на тему  [ Сообщений: 6 ] 
Автор Сообщение
 Заголовок сообщения: Torque/PBS: вывод в выходной файл
СообщениеДобавлено: 18 фев 12 13:11 
Не в сети

Зарегистрирован: 28 май 07 12:10
Сообщения: 47
Откуда: ИПС РАН
Добрый день !

В планировщике Torque/PBS можно задавать имя выходного файла для задания
в виде

#PBS -o <полный путь к файлу>

Проблема состоит в том, что данный файл появляется только после окончания счета задания.
Можно ли какими-либо способами настроить Torque так, чтобы этот файл
появлялся сразу после старта задания и, тем самым, по его содержимомму можно было бы следить за ходом его выполнения?


Вернуться к началу
 Профиль  
 
 Заголовок сообщения: Re: Torque/PBS: вывод в выходной файл
СообщениеДобавлено: 22 фев 12 19:19 
Не в сети

Зарегистрирован: 18 июн 07 13:13
Сообщения: 47
Откуда: Москва
Достаточно воспользоваться перенаправлением прямо внутри скрипта
вот в таком вот стиле
Код:
#!/bin/bash                                                                                                                                   
#PBS -N Test                                                                                                                               
#PBS -l nodes=20:ppn=4,mem=16Gb                                                                                                               
#PBS -d /share/home/test                                                                                                           
ProjectName="Test"                                                                                                                     
/usr/mpi/gcc/mvapich2/bin/mpiexec -np 100 ./Test  ${ProjectName}.dat  1>  ${ProjectName}.out  2> ${ProjectName}.err


вывод в Test.out будет появляться сразу


Вернуться к началу
 Профиль  
 
 Заголовок сообщения: Re: Torque/PBS: вывод в выходной файл
СообщениеДобавлено: 25 фев 12 12:51 
Не в сети

Зарегистрирован: 28 май 07 12:10
Сообщения: 47
Откуда: ИПС РАН
Перенаправление внутри скрипта, к сожалению, не полностью решает задачу ...

Дело в том, что в моем случае внутри скрипта находится несколько программ, вывод которых необходимо писать в один и тот же файл.
Если это делать просто как

>prog1 1>file.out
>prog2 1>file.out
>prog3 1>file.out

то каждая следующая программа будет затирать вывод предыдущей.

Отличие PBS-планировщика в том, что он успешно пишет вывод всех
шагов скрипта в один файл, но вот сам файл оказывается доступным
только после окончания задания ...


Вернуться к началу
 Профиль  
 
 Заголовок сообщения: Re: Torque/PBS: вывод в выходной файл
СообщениеДобавлено: 13 мар 12 2:46 
Не в сети

Зарегистрирован: 18 июн 07 13:13
Сообщения: 47
Откуда: Москва
Вы ищите проблемы там где их нет :D

В данном случае Ваша проблема имеет несколько решений

1) Использовать конструкцию с двойной стрелкой ">>"
Код:
>prog1 1>>file.out
>prog2 1>>file.out
>prog3 1>>file.out

В этом случае данные будут дописываться в конец файла file.out

2) Поместить вызовы prog1...prog3 в отдельный скрипт и перенаправлять уже вывод из него

PS: Я обычно использую второй способ


Вернуться к началу
 Профиль  
 
 Заголовок сообщения: Re: Torque/PBS: вывод в выходной файл
СообщениеДобавлено: 21 апр 15 14:48 
Не в сети

Зарегистрирован: 21 апр 15 14:22
Сообщения: 1
При работе с кластером возник вопрос:
Как реализовать проверку наличия свободного места в допустимых очередях на кластере? (чтобы в дальнейшем в свободную очередь поставить на выполнение мой скрипт)

_________________
waleeed


Вернуться к началу
 Профиль  
 
 Заголовок сообщения: Re: Torque/PBS: вывод в выходной файл
СообщениеДобавлено: 21 апр 15 15:43 
Не в сети

Зарегистрирован: 11 дек 02 19:37
Сообщения: 869
Откуда: НИВЦ МГУ
Получить данные из программы, показывающей состояние очереди и решить...


Вернуться к началу
 Профиль  
 
Показать сообщения за:  Поле сортировки  
Начать новую тему Ответить на тему  [ Сообщений: 6 ] 

Часовой пояс: UTC + 4 часа [ Летнее время ]


Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и гости: 1


Вы не можете начинать темы
Вы не можете отвечать на сообщения
Вы не можете редактировать свои сообщения
Вы не можете удалять свои сообщения
Вы не можете добавлять вложения

Найти:
Перейти:  
cron
Создано на основе phpBB® Forum Software © phpBB Group
Русская поддержка phpBB