PARALLEL.RU

Дискуссионный клуб по параллельным вычислениям
Текущее время: 13 дек 19 7:54

Часовой пояс: UTC + 4 часа [ Летнее время ]




Начать новую тему Ответить на тему  [ Сообщений: 11 ] 
Автор Сообщение
 Заголовок сообщения: MPICH LAMMPI PVM что выбрать?
СообщениеДобавлено: 8 апр 08 14:48 
Не в сети

Зарегистрирован: 28 мар 08 3:02
Сообщения: 5
Что порекомендуете выбрать из этой большой тройки?
Собираюсь Использовать ANSYS 11 (держит MPI + PVM)
Узлы кластера бездисковые. Xeon core 2duo 1gb ram 100 Mb lan
Есть ли свои особенности администрирования каждого?


Вернуться к началу
 Профиль  
 
 Заголовок сообщения: Re: MPICH LAMMPI PVM что выбрать?
СообщениеДобавлено: 10 апр 08 13:06 
Не в сети

Зарегистрирован: 11 дек 02 19:37
Сообщения: 872
Откуда: НИВЦ МГУ
Думаю, что в ANSYS mpi вкомпилирован жёстко. Скорее всего это MPICH. Лучше уточнить у дилера. PVM не использовал, но очевидно его популярность резко падает. LAM довольно неудобен в использовании, т.к. необходимо перед каждым запуском делать подготовку. В многопользовательском варианте это очень неудобно, хотя и возможно.


Вернуться к началу
 Профиль  
 
 Заголовок сообщения: Re: MPICH LAMMPI PVM что выбрать?
СообщениеДобавлено: 14 апр 08 12:12 
Не в сети

Зарегистрирован: 28 май 07 12:10
Сообщения: 47
Откуда: ИПС РАН
Serg_Zhum писал(а):
LAM довольно неудобен в использовании, т.к. необходимо перед каждым запуском делать подготовку. В многопользовательском варианте это очень неудобно, хотя и возможно.


Расскажите, плз, как можно пользоваться LAM'ом через систему очередей.
Ведь, перед тем как запустить программу, я должен сделать
lamboot для определенных узлов, чтобы запустить на них демонов lamd.
А как я узнаю имена узлов, если их динамически выделяет система очередей ?
Т.е., можно ли обойти эти проблемы и как ?


Вернуться к началу
 Профиль  
 
 Заголовок сообщения: Re: MPICH LAMMPI PVM что выбрать?
СообщениеДобавлено: 14 апр 08 14:52 
Не в сети

Зарегистрирован: 30 ноя 05 16:09
Сообщения: 130
Откуда: Ростов-на-Дону
C LAM MPI через систему очередей работать можно.
По крайней мере с PBS
Вот пример запускающего PBS скрипта

#!/bin/sh
#PBS -l walltime=1:00:00
#PBS -l nodes=10:LINUX
#PBS -V
date
cd /export/home/victor/hpl/bin/LAM
cat $PBS_NODEFILE > hosts
lamboot -v -ssi boot rsh hosts
/usr/local/lam/bin/mpirun -np 10 xhpl
date
lamhalt

Но, конечно, удобнее работать с MPICH


Вернуться к началу
 Профиль  
 
 Заголовок сообщения: Re: MPICH LAMMPI PVM что выбрать?
СообщениеДобавлено: 14 апр 08 15:08 
Не в сети

Зарегистрирован: 11 дек 02 19:37
Сообщения: 872
Откуда: НИВЦ МГУ
Дацюк В.Н. писал(а):
C LAM MPI через систему очередей работать можно.


Можно, конечно, но разных "приятных сюрпризов" не оберёшься... Особенно когда возникают проблемы в сети.


Вернуться к началу
 Профиль  
 
 Заголовок сообщения: Re: MPICH LAMMPI PVM что выбрать?
СообщениеДобавлено: 14 апр 08 15:10 
Не в сети

Зарегистрирован: 28 май 07 12:10
Сообщения: 47
Откуда: ИПС РАН
Дацюк В.Н. писал(а):
cat $PBS_NODEFILE > hosts
lamboot -v -ssi boot rsh hosts

Но, конечно, удобнее работать с MPICH


Правильно я понимаю, что здесь просто происходит
старт демонов lamd на всех узлах кластера ?
Т.е., если я хочу использовать в программе 4 узла,
а кластер состоит из 1250 узлов, то будут запущены демоны
на всех 1250 узлах ?
И как мне быть с содержимым переменной PBS_NODEFILE -
ведь в каждый момент на кластере, в общем случае,
доступно разное множество узлов из-за их возможной
неработоспособности ? Или эта переменная хранит всегда
имена только актуальных (во время загрузки) узлов ?

Правильно я понимаю, что демоны MPICH устанавливаются
на узлах во время установки всей системы,
и запускаются во время каждой перезагрузки ?


Вернуться к началу
 Профиль  
 
 Заголовок сообщения: Re: MPICH LAMMPI PVM что выбрать?
СообщениеДобавлено: 14 апр 08 15:15 
Не в сети

Зарегистрирован: 11 дек 02 19:37
Сообщения: 872
Откуда: НИВЦ МГУ
YurySerdyuk писал(а):
Правильно я понимаю, что здесь просто происходит
старт демонов lamd на всех узлах кластера ?

Нет, только на тех, что перечислены в $PBS_NODEFILE. Это список узлов, которые выбраны PBS для запуска задачи.

[/quote]
Правильно я понимаю, что демоны MPICH устанавливаются
на узлах во время установки всей системы,
и запускаются во время каждой перезагрузки ?[/quote]
Нет. В MPICH-1 никаких демонов (кроме ssh) не нужно. В MPICH-2 его демоны запускаются аналогично схеме LAM - от имени пользователя. И имеют те же проблемы, что и LAM.


Вернуться к началу
 Профиль  
 
 Заголовок сообщения: Re: MPICH LAMMPI PVM что выбрать?
СообщениеДобавлено: 14 апр 08 17:10 
Не в сети

Зарегистрирован: 30 ноя 05 16:09
Сообщения: 130
Откуда: Ростов-на-Дону
Мы не используем LAM ввиду перечисленных проблем,
но справедливости ради, стоит сказать, что, по крайней мере,
на операциях точка-точка, на сети Ethernet он работает
быстрее, чем MPICH.


Вернуться к началу
 Профиль  
 
 Заголовок сообщения: Re: MPICH LAMMPI PVM что выбрать?
СообщениеДобавлено: 14 апр 08 18:25 
Не в сети

Зарегистрирован: 18 июн 07 13:13
Сообщения: 47
Откуда: Москва
Кстати LAM имеет ряд проблем с Infiniband (которые кстати описаны в документации на LAM)
В частности проблемы с масштабируемостью на большое число узлов и втрое худшие латентности чем MPICH.

Правда редко кто его и использует с Infiniband.


Вернуться к началу
 Профиль  
 
 Заголовок сообщения: Re: MPICH LAMMPI PVM что выбрать?
СообщениеДобавлено: 15 апр 08 11:18 
Не в сети

Зарегистрирован: 28 май 07 12:10
Сообщения: 47
Откуда: ИПС РАН
Вопрос к админам СКИФ МГУ -
имеется ли возможность на нем резервировать узлы
с помощью
>qsub -I -l nodes=xxx
чтобы, раз их зарезервировав, можно было
на них работать далее уже без PBS ?


Вернуться к началу
 Профиль  
 
 Заголовок сообщения: Re: MPICH LAMMPI PVM что выбрать?
СообщениеДобавлено: 16 апр 08 13:34 
Не в сети

Зарегистрирован: 11 дек 02 19:37
Сообщения: 872
Откуда: НИВЦ МГУ
YurySerdyuk писал(а):
Вопрос к админам СКИФ МГУ -
имеется ли возможность на нем резервировать узлы
с помощью
>qsub -I -l nodes=xxx


На СКИФ-МГУ нет BPS.

YurySerdyuk писал(а):
чтобы, раз их зарезервировав, можно было
на них работать далее уже без PBS ?


Да, конечно, но нужно заранее согласовать такой режим работы с администрацией.


Вернуться к началу
 Профиль  
 
Показать сообщения за:  Поле сортировки  
Начать новую тему Ответить на тему  [ Сообщений: 11 ] 

Часовой пояс: UTC + 4 часа [ Летнее время ]


Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и гости: 1


Вы не можете начинать темы
Вы не можете отвечать на сообщения
Вы не можете редактировать свои сообщения
Вы не можете удалять свои сообщения
Вы не можете добавлять вложения

Найти:
Перейти:  
cron
Создано на основе phpBB® Forum Software © phpBB Group
Русская поддержка phpBB