PARALLEL.RU

Дискуссионный клуб по параллельным вычислениям
Текущее время: 13 дек 17 0:52

Часовой пояс: UTC + 4 часа [ Летнее время ]




Начать новую тему Ответить на тему  [ Сообщений: 13 ] 
Автор Сообщение
 Заголовок сообщения: rcmd: socket: Permission denied
СообщениеДобавлено: 10 сен 08 17:50 
Не в сети

Зарегистрирован: 10 сен 08 17:43
Сообщения: 4
использую программу GAMESS. Для нормальной работы ему нужен не ssh, а rsh. Его на кластере нет, и поэтому пришлось устанавливать. установка проходит успешно, но как только запускаю процесс, вылетат данная ошибка: rcmd: socket: Permission denied

пробовал два способа - установить UID и порыться с filepriv. Больше решений такой проблемы в глобальной сети не нашел. так в том - то и дело, что UID уже установлен, а команды filepriv нет. Что можно сделать?


Вернуться к началу
 Профиль  
 
 Заголовок сообщения: Re: rcmd: socket: Permission denied
СообщениеДобавлено: 12 сен 08 18:43 
Не в сети

Зарегистрирован: 12 сен 08 18:15
Сообщения: 5
Откуда: Ростов-на-Дону
Добрый день.

GAMESS может нормально работать с ssh (по-крайней мере, версия от 24 mar 2007).
Для этого по необходимости правим файл rungms, меняя rsh на ssh, и выставляем переменную:
setenv DDI_RSH ssh


Вернуться к началу
 Профиль  
 
 Заголовок сообщения: Re: rcmd: socket: Permission denied
СообщениеДобавлено: 14 сен 08 19:57 
Не в сети

Зарегистрирован: 10 сен 08 17:43
Сообщения: 4
облазил весь файл, переписал там все, что мог, но это все равно не помогает. хотя версия 2006 года. версия 2008 не ставится из-за того, что с линкированием библиотек проблема.


Вернуться к началу
 Профиль  
 
 Заголовок сообщения: Re: rcmd: socket: Permission denied
СообщениеДобавлено: 14 сен 08 22:43 
Не в сети

Зарегистрирован: 10 сен 08 17:43
Сообщения: 4
кстати, здесь все еще используется mpi или же можно в значениях переменных указывать sockets? может, из-за этого и возникает ошибка?


Вернуться к началу
 Профиль  
 
 Заголовок сообщения: Re: rcmd: socket: Permission denied
СообщениеДобавлено: 15 сен 08 11:31 
Не в сети

Зарегистрирован: 12 сен 08 18:15
Сообщения: 5
Откуда: Ростов-на-Дону
Вообще-то, по-умолчанию в GAMESS используется sockets и использовать mpi/mixed без особых причин разработчики не рекомендуют. Кстати, в чем именно заключается проблема с GAMESS?


Вернуться к началу
 Профиль  
 
 Заголовок сообщения: Re: rcmd: socket: Permission denied
СообщениеДобавлено: 15 сен 08 11:36 
Не в сети

Зарегистрирован: 10 сен 08 17:43
Сообщения: 4
проблема заключается в следующем. после того, как был установлен rsh, возникла проблема данного характера. (название темы). когда же попытался поменять значение на ssh, выдал ошибку создание PUNCH файла. и замолк.

решил переустановить GAMESS на более новую версию (последнюю). но теперь у меня вообще не проходит процесс установки. то есть ошибка возникает с файлом lked.

может быть, проблема в том, что здесь-то кластер mpi-ный, и поэтому может возникнуть такая ошибка?


Вернуться к началу
 Профиль  
 
 Заголовок сообщения: Re: rcmd: socket: Permission denied
СообщениеДобавлено: 15 сен 08 23:57 
Не в сети

Зарегистрирован: 12 сен 08 18:15
Сообщения: 5
Откуда: Ростов-на-Дону
Остановитесь на сборке последней версии. Уточните у support-a, не касаются ли Вас проблемы, описанные в viewtopic.php?f=3&t=1950&p=4845. Если не касаются, а линковка все равно не проходит, значит "ручками" ищите недостающие библиотеки и долинковывайте.
При этом уточните у support-a, поднят ли стек TCP на Infiniband (Вы ведь ч-з Infiniband работаете?). Если да - используйте sockets. Если нет - штудируйте документацию и группу рассылки GAMESS-a на предмет особенности сборки с mpi.
Удачи.


Вернуться к началу
 Профиль  
 
 Заголовок сообщения: Re: rcmd: socket: Permission denied
СообщениеДобавлено: 16 сен 08 13:37 
Не в сети

Зарегистрирован: 11 дек 02 19:37
Сообщения: 871
Откуда: НИВЦ МГУ
kvv писал(а):
При этом уточните у support-a, поднят ли стек TCP на Infiniband (Вы ведь ч-з Infiniband работаете?). Если да - используйте sockets.


Стеком ICP на IB воспользоваться не выйдет, т.к. запуск производится через Ethernet и адреса узлов заданы тоже для Ethernet. Объяснить GAMESS, что надо использовать другие адреса не получится.


Вернуться к началу
 Профиль  
 
 Заголовок сообщения: Re: rcmd: socket: Permission denied
СообщениеДобавлено: 16 сен 08 14:30 
Не в сети

Зарегистрирован: 30 ноя 05 16:09
Сообщения: 130
Откуда: Ростов-на-Дону
Если TCP протокол поднят, то все узлы имеют вторые имена,
связанные с сетью Infiniband. Поэтому, чтобы запускать GAMESS
через sockets, нужно в скрипте rungms сделать подмену
одних имен на другие после того, как hostlist сформирован:
set HOSTFAST=`echo $HOSTLIST | sed s/ib/ml/g`
У нас такая штука прекрасно работает.
Скорость, правда, в два раза ниже, но для GAMESS это
не принциипиально.


Вернуться к началу
 Профиль  
 
 Заголовок сообщения: Re: rcmd: socket: Permission denied
СообщениеДобавлено: 17 сен 08 1:02 
Не в сети

Зарегистрирован: 12 сен 08 18:15
Сообщения: 5
Откуда: Ростов-на-Дону
Скорость принципиальна, но стабильность работы "принципиальнее". Или имеется в виду, что в работе GAMESS файловые операции являются более жестким лимитирующим фактором?


Вернуться к началу
 Профиль  
 
 Заголовок сообщения: Re: rcmd: socket: Permission denied
СообщениеДобавлено: 17 сен 08 16:53 
Не в сети

Зарегистрирован: 30 ноя 05 16:09
Сообщения: 130
Откуда: Ростов-на-Дону
Нет, имеется в виду, что GAMESS не слишком требователен
к пропускной способности сети. Он прекрасно работает и на
Gigabit Ethernet, а Infiniband как минимум в десять раз быстрее.
При работе по TCP протоколу полоса в два раза меньше,
чем при использовании MPI, но это все равно в 5 раз
больше чем Ethernet.


Вернуться к началу
 Профиль  
 
 Заголовок сообщения: Re: rcmd: socket: Permission denied
СообщениеДобавлено: 17 сен 08 19:56 
Не в сети

Зарегистрирован: 12 сен 08 18:15
Сообщения: 5
Откуда: Ростов-на-Дону
Спасибо за развернутый ответ.


Вернуться к началу
 Профиль  
 
 Заголовок сообщения: Re: rcmd: socket: Permission denied
СообщениеДобавлено: 19 дек 14 9:39 
Не в сети

Зарегистрирован: 19 дек 14 9:30
Сообщения: 1
запуск производится через Ethernet и адреса узлов заданы тоже для Ethernet. Объяснить GAMESS, что надо использовать другие адреса не получится.??

_________________
You can join us for best 642-887 dumps dumps [Testking oracle training solutions. Our sciarc.edu contains all those you want to pass for real quincy exam & www.jhu.edu training.


Вернуться к началу
 Профиль  
 
Показать сообщения за:  Поле сортировки  
Начать новую тему Ответить на тему  [ Сообщений: 13 ] 

Часовой пояс: UTC + 4 часа [ Летнее время ]


Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и гости: 2


Вы не можете начинать темы
Вы не можете отвечать на сообщения
Вы не можете редактировать свои сообщения
Вы не можете удалять свои сообщения
Вы не можете добавлять вложения

Найти:
Перейти:  
cron
Создано на основе phpBB® Forum Software © phpBB Group
Русская поддержка phpBB