PARALLEL.RU

использую программу GAMESS. Для нормальной работы ему нужен не ssh, а rsh. Его на кластере нет, и поэтому пришлось устанавливать. установка проходит успешно, но как только запускаю процесс, вылетат данная ошибка: rcmd: socket: Permission denied

пробовал два способа - установить UID и порыться с filepriv. Больше решений такой проблемы в глобальной сети не нашел. так в том - то и дело, что UID уже установлен, а команды filepriv нет. Что можно сделать?

Добрый день.

GAMESS может нормально работать с ssh (по-крайней мере, версия от 24 mar 2007).
Для этого по необходимости правим файл rungms, меняя rsh на ssh, и выставляем переменную:
setenv DDI_RSH ssh

облазил весь файл, переписал там все, что мог, но это все равно не помогает. хотя версия 2006 года. версия 2008 не ставится из-за того, что с линкированием библиотек проблема.

кстати, здесь все еще используется mpi или же можно в значениях переменных указывать sockets? может, из-за этого и возникает ошибка?

Вообще-то, по-умолчанию в GAMESS используется sockets и использовать mpi/mixed без особых причин разработчики не рекомендуют. Кстати, в чем именно заключается проблема с GAMESS?

проблема заключается в следующем. после того, как был установлен rsh, возникла проблема данного характера. (название темы). когда же попытался поменять значение на ssh, выдал ошибку создание PUNCH файла. и замолк.

решил переустановить GAMESS на более новую версию (последнюю). но теперь у меня вообще не проходит процесс установки. то есть ошибка возникает с файлом lked.

может быть, проблема в том, что здесь-то кластер mpi-ный, и поэтому может возникнуть такая ошибка?

Остановитесь на сборке последней версии. Уточните у support-a, не касаются ли Вас проблемы, описанные в viewtopic.php?f=3&t=1950&p=4845. Если не касаются, а линковка все равно не проходит, значит "ручками" ищите недостающие библиотеки и долинковывайте.
При этом уточните у support-a, поднят ли стек TCP на Infiniband (Вы ведь ч-з Infiniband работаете?). Если да - используйте sockets. Если нет - штудируйте документацию и группу рассылки GAMESS-a на предмет особенности сборки с mpi.
Удачи.

Стеком ICP на IB воспользоваться не выйдет, т.к. запуск производится через Ethernet и адреса узлов заданы тоже для Ethernet. Объяснить GAMESS, что надо использовать другие адреса не получится.

Если TCP протокол поднят, то все узлы имеют вторые имена,
связанные с сетью Infiniband. Поэтому, чтобы запускать GAMESS
через sockets, нужно в скрипте rungms сделать подмену
одних имен на другие после того, как hostlist сформирован:
set HOSTFAST=`echo $HOSTLIST | sed s/ib/ml/g`
У нас такая штука прекрасно работает.
Скорость, правда, в два раза ниже, но для GAMESS это
не принциипиально.

Скорость принципиальна, но стабильность работы "принципиальнее". Или имеется в виду, что в работе GAMESS файловые операции являются более жестким лимитирующим фактором?

Нет, имеется в виду, что GAMESS не слишком требователен
к пропускной способности сети. Он прекрасно работает и на
Gigabit Ethernet, а Infiniband как минимум в десять раз быстрее.
При работе по TCP протоколу полоса в два раза меньше,
чем при использовании MPI, но это все равно в 5 раз
больше чем Ethernet.

Спасибо за развернутый ответ.

запуск производится через Ethernet и адреса узлов заданы тоже для Ethernet. Объяснить GAMESS, что надо использовать другие адреса не получится.??

_________________
You can join us for best 642-887 dumps dumps [Testking oracle training solutions. Our sciarc.edu contains all those you want to pass for real quincy exam & www.jhu.edu training.